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Beim Wandel des Tiergartens wären Steuerungs- und Kontrollinstrumente vernachlässigt worden. So kritisieren die Beamten das Fehlen einer ständigen Internen Revision und orten Verbesserungsbedarf bei der Personalverwaltung. Zwei im überprüften Zeitraum geplante Großbauprojekte - die Erweiterung der Elefantenanlage und der Aquariumbau - wären nicht aufeinander abgestimmt gewesen, was zu vermeidbaren Kosten von 1,42 Millionen Euro geführt habe.
Die Anzahl der zur Schau gestellten Tiere ging 2020 bis 2024 von rund 69 auf 40 Prozent zurück - dies unter anderem aufgrund des bevorstehenden Neubaus des Aquariums. Teilweise wurden in diesem Zusammenhang Tiere an einen anderen Zoo abgegeben oder nicht zugänglich untergebracht.
Der Zoo als GmbH habe keine gewerberechtlichen Auflagen zum Brandschutz zu berücksichtigen, da er kein Betrieb im Sinne der Gewerbeordnung ist. Die Feuerschutzversicherung setze jedoch die Einhaltung der Standards gemäß den Technischen Richtlinien Vorbeugender Brandschutz (TRVB) voraus. Gemessen daran wäre er nur fragmentarisch vorhanden. So fehlte laut Rechnungshof etwa eine Brandschutzordnung und Brandschutzbeauftragte sowie Brandschutzwarte waren nicht bestellt. Auch ein Brandschutzbuch wurde nicht geführt. Bereits zur Zeit der Überprüfung wurden diesbezüglich Maßnahmen eingeleitet, heißt es im Bericht.