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Bezüglich der Besetzung der Bundesstaatsanwaltschaft macht sich die Organisation für ein zweistufiges Verfahren mit öffentlichen Hearings im Parlament und vor einer Justizkommission stark. Letzteres Gremium sollte ausschließlich mit unabhängigen Fachleuten besetzt sein - aus Justiz, Staatsanwaltschaft und Rechtsanwaltschaft. Die Ergebnisse beider Anhörungen sollten an Regierung und Bundespräsidenten übermittelt werden.
Vorgeschrieben werden sollte ein öffentliches Anforderungsprofil mit klaren Eignungskriterien, darunter mindestens zehn Jahre Erfahrung in der Strafjustiz. Bezahlte Nebenbeschäftigungen sollen untersagt, ehrenamtliche oder wissenschaftliche Aktivitäten erlaubt sein.
Transparency empfiehlt weiters eine nicht verlängerbare Funktionsperiode von sechs Jahren. Um die Kontinuität in der Amtsführung zu gewährleisten und eine gleichzeitige Neubesetzung aller Mitglieder zu vermeiden, sollte es eine zeitlich versetzte Bestellung von zumindest einem Mitglied geben. Bei der Errichtung der Behörde sollte man daher mit unterschiedlichen Funktionsperioden arbeiten - etwa für zwei, vier und sechs Jahre. Alternativ sollte zumindest ein Mitglied für eine kürzere Amtszeit bestellt werden.
Laut dem im Juli vorgestellten Regierungsplan soll die Bundesstaatsanwaltschaft, die statt der Justizministerin am Ende der Weisungskette stehen soll, aus einem grundsätzlich gleichberechtigten Dreiergremium bestehen, das für sechs Jahre gewählt wird. Der Vorsitz soll alle zwei Jahre wechseln. Gewählt werden sollen die Mitglieder vom Nationalrat auf Vorschlag einer im Justizministerium eigens eingerichteten Kommission.