Hofer wurde am 14. April 1952 in Stumm im Zillertal geboren. Er besuchte das erzbischöfliche Privatgymnasium Borromäum in Salzburg, trat 1971 ins Priesterseminar ein und studierte Theologie in Salzburg und Innsbruck. Er wurde 1976 in Salzburg zum Diakon und zum Priester geweiht und war ab 1977 Sekretär von Erzbischof Karl Berg sowie Domzeremoniär. 1979 promovierte er zum Doktor der Theologie an der Theologischen Fakultät der Universität Salzburg, wurde Kooperator in der Stadtpfarre Hallein und 1984 Pfarrer in Mittersill und Hollersbach. 1992 folgte die Ernennung zum Ordinariatskanzler und Personalreferenten der Erzdiözese Salzburg sowie auch die Berufung ins Salzburger Domkapitel.
Seit 2006 ist Hansjörg Hofer Generalvikar der Erzdiözese und somit Stellvertreter des Erzbischofs in allen Verwaltungsangelegenheiten. Im Oktober 2015 wurde er zum Domdechant gewählt. Er ist zudem Mitglied in zahlreichen Gremien der Erzdiözese.
Aufgabe eines Weihbischof ist es, den Diözesanbischof bei der Leitung der Diözese zu unterstützen. Er übernimmt bestimmte Aufgabenbereiche, etwa für eine Region, Personengruppen oder besondere Felder der Seelsorge. Ein Weihbischof trägt nach seiner Weihe die bischöflichen Insignien wie Ring, Hirtenstab und Mitra. Er leitet keine eigene Diözese, doch wird ihm der Bischofssitz einer untergegangenen Diözese als Titularbistum zugeordnet. Bei Hofer ist dies die untergegangene Diözese Abziri im nördlichen Tunesien.
In Österreich sind Weihbischöfe stimmberechtigte Mitglieder der Bischofskonferenz. In den österreichischen Diözesen gibt es derzeit fünf aktive Weihbischöfe: Hansjörg Hofer und Andreas Laun in Salzburg, Anton Leichtfried in St. Pölten sowie Stephan Turnovszky und Franz Scharl in Wien.
In der Diözese Innsbruck wertete man indes die Bestellung Hofers nicht als Indiz dafür, dass demnächst auch der dort zu ernennende Diözesanbischof feststehen wird - nach einer Sedisvakanz, die derzeit schon 17 Monate andauert. Man hege aber nach wie vor die Hoffnung, dass der Bischofssitz noch vor dem Sommer besetzt sein wird, hieß es aus der Diözese gegenüber der APA. Schließlich sei die lange Zeit der Sedisvakanz "nicht optimal".