Der einflussreiche richterliche Gutachter Yves Bot hatte vorgeschlagen, die Klagen abzuweisen. Daran ist der EuGH aber nicht gebunden.
Die EU hatte zunächst im Juni 2015 die Umverteilung von 40.000 und danach am 22. September 2015 von weiteren 120.000 Flüchtlingen beschlossen, die internationalen Schutz benötigen. Dies sollte Griechenland und Italien entlasten. Der Vertrag von Lissabon, der Vertrag über die Arbeitsweise der EU (AEUV), erlaubt bei einer "Notlage" einzelner Länder wegen der Zuwanderung von Flüchtlingen "vorläufige Maßnahmen zugunsten der betreffenden Mitgliedsstaaten".
Die Slowakei, Ungarn, Tschechien und Rumänien hatten im September 2015 gegen die Umverteilung gestimmt. Die Slowakei und Ungarn zogen danach vor den EuGH. Sie argumentieren, die Umverteilung sei keine geeignete Reaktion auf die Flüchtlingskrise und der AEUV reiche als Grundlage hierfür nicht aus. Nur mit einem formellen EU-Gesetz habe eine solche Maßnahme beschlossen werden können.
Polen ist dem Streit auf Seiten der Slowakei und Ungarns beigetreten. Belgien, Deutschland, Frankreich, Italien, Luxemburg, Schweden sowie die EU-Kommission unterstützen den beklagten Rat der EU.
Der sogenannte EuGH-Generalanwalt Yves Bot hatte im Juli den Richtern vorgeschlagen, die Klagen abzuweisen. Eine Entscheidung des von den Mitgliedsstaaten besetzten Rats reiche aus, ein formelles Gesetz unter Beteiligung aller nationalen Parlamente sei nicht erforderlich gewesen. Dabei dürfe der Rat alle befristeten Maßnahmen erlassen, die er für erforderlich halte. Die geplante Umverteilung sei auch für die Zeit vom 25. September 2015 bis 26. September 2017 befristet gewesen.
Auch eine Mehrheitsentscheidung war nach Überzeugung Bots zulässig. Die Selbstbindung des Rats an eine "einvernehmliche" Lösung habe nur für bereits zuvor im Juni 2015 beschlossene Umverteilung von 40.000 Flüchtlingen gegolten.
Der Beschluss trage auch "automatisch" dazu bei, Italien und Griechenland zu entlasten. Dass die Umverteilung von 120.000 beziehungsweise insgesamt 160.000 Flüchtlingen wohl nicht ausreiche, könne die Wirksamkeit der Maßnahme nicht infrage stellen.
Die Umverteilung sollte eigentlich am 26. September 2017 abgeschlossen sein. Nun entscheidet der EuGH, ob das Programm überhaupt rechtmäßig ist. Bisher konnten noch nicht einmal 30.000 Flüchtlinge aus Italien und Griechenland in andere EU-Länder übersiedeln.