Hoyer bezeichnete den Brexit als "schrecklichste Entscheidung des Jahres 2016". Der EU-Austritt Großbritanniens werde negative Effekte auf beiden Seiten des Ärmelkanals haben. Für die EU-Bank sei es "schmerzhaft", nachdem sie mit Großbritannien einen Anteilseigner von 16,1 Prozent verliere. In Großbritannien seien jährliche Investitionen von 7 Mrd. bis 9 Mrd. Euro betroffen. So habe die EIB etwa in wichtige Infrastrukturprojekte und Windparks in der Nordsee investiert.
Hoyer betonte, er wolle nicht in die Brexit-Verhandlungen eingreifen. Er betonte aber, dass nach den derzeitigen Vertragsbestimmungen nur EU-Mitgliedstaaten der EIB angehören können. Die Details müssten in den Brexit-Verhandlungen geklärt werden, er habe volles Vertrauen in den Chefverhandler der EU, Michel Barnier.