Generalsekretäre gibt es in einzelnen Ministerien schon länger. Allerdings haben ÖVP und FPÖ nach Antritt der neuen Regierung im Dezember 2017 beschlossen, dass die neuen Minister ihre Generalsekretäre ohne vorherige Ausschreibung bestellen dürfen. Außerdem haben die neuen Spitzenbeamten Anspruch auf Beamtenstatus und sind den Sektionschefs der Ministerien gegenüber weisungsbefugt.
Drozda kritisiert die Generalsekretäre in der "Kronen Zeitung" (Montag-Ausgabe) als "teure Parallelstrukturen" mit eigenem Mitarbeiterstab und monatlichen Kosten von 246.000 Euro. Außerdem kritisiert die SPÖ, dass offenbar eine "Konferenz der Generalsekretäre" mit zusätzlichen Strukturen geplant sei. Der Rechnungshof soll daher Qualifikation und Gehaltsstruktur der Generalsekretäre und ihrer Mitarbeiter untersuchen sowie prüfen, inwieweit die Generalsekretäre die Formulierung von Gesetzen an Private ausgelagert haben.
Für die Einleitung einer Sonderprüfung sind 20 Abgeordnete nötig, über die die SPÖ verfügt. Einzige Beschränkung ist, dass maximal drei Sonderprüfungen parallel laufen dürfen. Derzeit ist aber nur eine derartige Prüfung anhängig, nämlich eine von den Grünen angestoßene Untersuchung des Informationsaustausches zwischen Finanzämtern. Beim Rechnungshof heißt es dazu, dass Prüfanträge von Parlamentsfraktionen prioritär behandelt werden. Eine zeitliche Abschätzung der Dauer sei aber nicht möglich.