Die Parteilinke Hilde Mattheis forderte, die SPD dürfe dies so nicht hinnehmen und auch keine Angst vor dem Bruch der Koalition haben. Juso-Chef Kevin Kühnert sagte in der ARD: "Meine persönliche Schmerzgrenze ist erreicht." Für die SPD sei der "Preis zu hoch für den Fortbestand der Koalition". Für Unmut sorgte auch, dass für Maaßen ein Staatssekretär mit SPD-Parteibuch im Innenministerium weichen muss. Die Nachfolge für Maaßen an der Spitze des Verfassungsschutzes ist noch offen.
Seehofer pochte darauf, dass es sich bei der Versetzung von Maaßen ins Bundesinnenministerium um eine Entscheidung aller drei Parteivorsitzenden und somit auch von SPD-Chefin Andrea Nahles gehandelt habe. Die Vereinbarung sei niedergeschrieben worden und sei den drei Vorsitzenden "klar leserlich" vorgelegen. "Es konnte sich kein Missverständnis des Gehörten einstellen", sagte der CSU-Chef. Er selbst habe Maaßen immer als kompetent und integer erlebt und hätte dessen Ablösung nicht betrieben, sagte Seehofer weiter. Wenn jedoch mit der SPD ein Koalitionspartner erkläre, dass Vertrauen fehle, "dann muss man auch bereit sein, daraus Konsequenzen zu ziehen".
Laut Seehofer soll Maaßen im Ministerium als Staatssekretär für Sicherheit zuständig sein mit den Bereichen Bundespolizei, Cyber- und öffentliche Sicherheit. Wenn er seinen neuen Posten antrete, werde der Staatssekretär Gunther Adler (SPD) in den einstweiligen Ruhestand versetzt. Das von ihm verantwortete Thema Bau werde dann von Amtschef Hans-Georg Engelke übernommen. Engelke werde auch die Aufsicht über das Bundesamt für Verfassungsschutz (BfA) haben. Es werde sauber zwischen der Aufsicht über des Bundesamt und Maaßens Arbeit für die öffentliche Sicherheit getrennt, sagte Seehofer. Die Abberufung Adlers stieß auf Kritik in der SPD: Niedersachsens Innenminister Boris Pistorius, Mitglied des Parteivorstandes, sagte der "Rheinischen Post": "Das ist eine Provokation ersten Ranges. Mir reicht's langsam."
Maaßen stürzte über seine Äußerungen über die Vorfälle in Chemnitz. Er hatte gesagt, es lägen "keine belastbaren Informationen" für "Hetzjagden" auf Ausländer vor. Der 55-Jährige steht aber auch wegen Treffen mit AfD-Politikerin in der Kritik. Die Nachfolge an der Spitze des Verfassungsschutzes solle "zeitnah" gefunden werden, sagte Seehofer. Er habe aber noch keinen Namen im Kopf, auch hätten keine Namen im Gespräch der drei Vorsitzenden am Dienstag eine Rolle gespielt. Bis zur Übergabe an einen Nachfolger werde Maaßen seine Arbeit beim Verfassungsschutz fortsetzen. Angesichts der angespannten Sicherheitslage sei ihm an einem geordneten Übergang gelegen.
Zur zunehmenden Kritik an ihm selbst und Gerüchten über eine baldige Ablösung sagte Seehofer: "Gehen Sie davon aus, dass beim Umsetzen dieser Maßnahmen ich auch noch vor Ihnen stehen werde." Dies gelte auch, wenn die Umsetzung erst nach der Landtagswahl in Bayern Mitte Oktober bevorstehen sollte.
In einer Reuters vorliegenden Mail der SPD-Fraktionsspitze an ihre Bundestagsabgeordneten heißt es: "Wie Herr Seehofer sein Ministerium besetzt, liegt in seiner Verantwortung." Die SPD habe "dafür gesorgt, dass Herr Maaßen in der von Horst Seehofer zugedachten Aufgabe keinen Einfluss mehr hat auf den Verfassungsschutz". Ähnlich äußerte sich SPD-Generalsekretär Lars Klingbeil. Im Deutschlandfunk wich er einer Antwort auf die Frage aus, ob Nahles bei Maaßens Beförderung um Zustimmung gefragt worden sei. Er sei bei dem Treffen nicht dabei gewesen: "Aber es ist ein gemeinsames Ergebnis der Koalition."
SPD-Vize Manuela Schwesig kritisierte die Beförderung: "Ich kann gut verstehen, dass viele Bürgerinnen und Bürger darauf mit Unverständnis reagieren", sagte sie der "Neuen Osnabrücker Zeitung". Die bayerische SPD forderte in einem Brief, dass die SPD Maaßens Beförderung nicht zustimmt. Diese sei "in der Sache ein schwerer Fehler, politisch nicht nachvollziehbar und nirgendwo vermittelbar". Auch Bundesfamilienministerin Franziska Giffey (SPD) sagte in der ARD: "Es muss aber schon gefragt werden, ob es ein angemessenes politisches Signal ist, auch was das Gerechtigkeitsgefühl in der Bevölkerung angeht, dass diese Entscheidung so gefallen ist."
Der CDU-Innenpolitiker Mathias Middelberg nannte den Wechsel von Maaßen ins Innenressort dagegen vernünftig und pragmatisch. Kritik kam innerhalb der Union vom stellvertretenden Bundesvorsitzenden des Arbeitnehmerflügels CDA, Christian Bäumler. Wer das Vertrauen in seine Behörde so beschädigt habe wie Maaßen, habe in einer Führungsposition in einem Ministerium nichts zu suchen, sagte er dem "Handelsblatt". Grünen-Chefin Annalena Baerbock sagte der "Passauer Neuen Presse", die Versetzung beschädige massiv Vertrauen in Politik und Demokratie. Linken-Fraktionschef Dietmar Bartsch monierte bei RTL, jemand der gravierende Fehler in seinem Amt gemacht, politisch Einfluss genommen habe und illoyal zur Kanzlerin gewesen sei, werde befördert. "Das versteht kein Mensch."