Sein Auftrag laute, den Zustand der Diözese Gurk-Klagenfurt in Bezug auf die katholische Lehre und Leitung in Augenschein zu nehmen und "die tieferliegenden Gründe, die zur gegenwärtigen Verwirrung führten, zu erforschen und dem Heiligen Stuhl zu berichten", erklärte der Salzburger Metropolit. In Abstimmung mit der Bischofskongregation in Rom sei der Prüfungszeitraum ab 2008 festgelegt worden. Gegen Schwarz wurden von der derzeitigen Führung der Diözese schwere Vorwürfe erhoben. Diese reichen von Problemen mit dem Zölibat über ein Abhängigkeitsverhältnis zu seiner Vertrauten Andrea Enzinger bis hin zu Misswirtschaft im Bistum und Verletzungen des Kirchenrechts.