Demnach teilen sie sich das Sorgerecht, die Kinder leben aber bei Leoni. Duchovny soll seiner Ex-Frau angeblich 40.000 Dollar Unterhalt im Monat zahlen. Zudem komme er für die Lebenshaltungskosten der Kinder auf.
Die seit 1997 verheirateten Schauspieler hatten sich 2008 vorübergehend getrennt. Duchovny bekannte sich damals öffentlich zu einer "Sexsucht" und unterzog sich einer Behandlung. 2011 gingen sie dann erneut getrennte Wege.